Оператор устанавливает срок подачи претензий таким образом:

3.2. В течение трёх рабочих дней со дня получения счета-фактуры за предоставленные услуги связи, в случае несогласия с его содержанием, письменно известить ОБЩЕСТВО с обоснованием претензий по счету – фактуре, по окончанию указанного срока претензии АБОНЕНТА к ОБЩЕСТВУ не принимаются.
(кусок из договора на оказание услуг связи)

Подскажите нарушаются ли тут мои права, если в законе о связи четко указано 6 месяцев? И что делать-то с этим оператором?

Подскажите нарушаются ли тут мои права

Нарушаются.

если в законе о связи четко указано 6 месяцев

Следовательно, применяется срок, указанный в законе. Соответственно, положение договора недействительно вследствие ничтожности.

И что делать-то с этим оператором?

Считайте, что данное условие не написано в договоре.

Независимый консультант, согласен на все 100.
EvilGrin, почитайте ГК, положения о договоре.
Статья 422. Договор и закон
1. Договор должен соответствовать обязательным для сторон правилам, установленным законом и иными правовыми актами (императивным нормам), действующим в момент его заключения.