"нумер" - это устаревшее "номер", а слово "нумерация" образовалось как раз от "нумер". То есть ситуация типа "дедушка умер, а дело живет"
Есть кстати еще подозрение, что "нумерация", это транскрипция английского numeration
Номер - порядковое число предмета в ряду других однородных; цифровое обозначение такого числа.
Нумерация - цифровое обозначение предметов, расположенных в последовательном порядке.
С.И.Ожегов и Н.Ю.Шведова. Толковый словарь русского языка. М. 2004