Одна из них называется в просторечии "вещательной" и выдается Росохранкультурой, другая в просторечии называется "связной" и выдается ФСНСС. Первая дает право на вещание, вторая - на предоставление услуг трансляции по сетям КТВ (точная формулировка - в ППРФ87). Две лицензии фактически друг друга дублируют в части предоставляемых прав, но отличаются лицензионными условиями. Упрощенно можно сказать, что в вещательной лицензии даются условия, касающиеся содержания программ, а в связной - условия, касающиеся технических аспектов и правил оказания услуг трансляции. Ситуация дублирования называется "проблемой двух лицензий" и вызвана нестыковками между Минсвязи и Минпечати.
В любом случае, Вам нужно иметь обе эти лицензии - требования закона сейчас таковы.
По связной - изучите ЗоС и почитайте рекомендации на данном форуме. Для получения связной лицензии необходима вещательная (без нее не дадут).
По порядку получения вещательной - посмотрите здесь:
http://www.mkmk.ru/service.html
Кроме того, Вы можете использовать вещательную лицензию Вещателя, которого транслируете в Вашей сети. Только необходимо, чтобы в этой лицензии была указана территория, на которой действует Ваша сеть. Я бы рекомендовал получать вещательную на все каналы на себя, но тут на форуме со мной многие не согласны. Либо совмещаете оба варианта: на те каналы, где лицензий Вещателей нет, получаете ее на себя, на те, где есть, для получения связной лицензии используете предоставленные копии лицензий Вещателей.